2100億南水北調成本花在哪，是另有隱情，還是確實用到這么多。與南水北調工程一再“跳票”相伴隨的，是成本一漲再漲，從原先估算的1240億元漲到2082億元。
根據2002年國務院批復的《“南水北調”工程總體規劃》，“南水北調”東線、中線一期主體工程估算總投資1240億元，其中東線一期320億元，中線一期920億元。但隨著“南水北調”工程一再“跳票”，成本也一漲再漲，從原先估算的1240億元漲到2082億元。
國務院南水北調辦最新公布的數據顯示，截至2014年4月底，已累計下達南水北調東、中線一期工程投資2448.6億元;工程建設項目累計完成投資2467.6億元，其中東、中線一期工程分別累計完成投資315.0億元和2082.9億元。
按照可研階段預算，東、中線一期工程總投資為2546億元。而國務院南水北調辦原主任張基堯曾對媒體表示，東中線一期工程總投資可能要達到3000億元。
這些年來“南水北調”，尤其是中線工程成本飛漲，到底原因何在?
從2002年動工之后，“南水北調”工程一直處于投資不足的階段，伴隨著2008年金融危機之后政府救市，作為重大工程項目，“南水北調”的投資才得以跟上。
不過，經過這么長時間耽擱，物價、用工費、拆遷費等成本早已今非昔比。
“成本肯定超預算，征地費漲了不是一點半點， 10年前一個勞力可能一天也就三四十塊錢，現在一天得上百塊……物價上漲、地價上漲，對工程的影響非常大。” 許新宜對21世紀經濟報道記者表示，因為工程拖了十年，造價翻番“很正常”。
尤其是移民，做了很大犧牲。”賈紹鳳告訴21世紀經濟報道記者，除了物價上漲因素，更重要的是“南水北調”補償標準提高了很多，征地、移民投資增加不少、“重大工程對于個人的財產、權利越來越重視，不能讓老百姓犧牲太多，成本也就越來越高”。
隧道專家王夢恕則認為，工程方案采用明渠輸水，也是工程造價高企的重要原因之一。在南水北調動議階段，他曾建議采用淺埋暗挖法，全程采用暗渠輸水。不過，水利部及“南水北調辦”的很多專家認為，暗渠引水工程成本更高，而且維修難度也比較大，采用明渠供水，水流動時會溶解一部分空氣，有助于去除部分污染物，提升渠道自凈能力。
“不是簡單說暗挖就貴，明挖就便宜，這個觀念是錯誤的。”王夢恕認為，導致現在南水北調工程成本遠超預算的原因在于，水渠明挖法工程量和征地面積太大，而且邊坡要保證砌好，不然一下雨全垮了，此外上面還要修很多橋，花費也很大，而采用7米直徑做暗渠就會少開挖很多。
“我曾經看過幾次工程現場，認為這樣干不行，浪費國家資源、破壞環境，很不應該。”王夢恕表示，明挖的土方工程、混凝土工程遠遠大于暗挖，很不合理，因此開工后工期一拖再拖。
國務院“南水北調”辦原主任張基堯曾表示，“南水北調”中線的跨渠橋梁，原來只設計了600多座，最后新增1300多座，也成為工程投資增加的一個因素。
南水北調工程耗資巨大，如今也沒有給我們一個滿意的答復。
