環境問題在近兩年來一直被國家和政府一再的重視，雖然推出的排污權交易制度使得環境有些改善，但是從效果來看，還是多少有些治標不治本。當然，我們知道，即使是在國外這種制度有被很好很廣泛的使用，但是也還是會存在一些問題，尤其是在我國，目前在實施排污權交易方面還存在以下幾點問題。
一、買賣市場不標準
中國鄉鎮公司數量多、規模小、散布零星，這一基本國情就決議了中國排污權買賣市場的根底信息尋求費用過高，環境保護部分監測與履行費用也會過高，并且存在著逐案商洽的疑問，然后間接致使了整個排污買賣市場的無效。其次，在競賽劇烈的職業中，為約束競賽對手的發展，有富余排污目標的公司不愿出售自己的節余排污權，形成排污權的糟蹋，擾亂了排污買賣次序。最終，排污權交易過程仍擺脫不了政府部分的強力干涉，仍有也許出現以政代企的行動。
二、方法和實施措施落后
雖然中國排污權交易的試點已進行了數年，但至今還沒有擬定出全國統一的對于排污權買賣的法規，國家現行的《大氣污染防治法》、《水污染防治法》等雖已提到了排污總量操控及排污許可證準則，但尚無相配套的排污權買賣準則。對排污權買賣的監督、法律也是一個相當杰出的疑問。中國現行法令對公司的罰責過低，使得某些公司甘愿受罰，也不愿購買排污權或許治理，這就使得排污權買賣遭到相當大程度的阻止。
三、當地保護主義相對嚴峻
嚴峻的當地保護主義還使得排污權買賣遭到約束，排污權買賣市場不能有效運作，在一些當地政府看來，約束排污就等于約束出產，出于對本地經濟利益的考慮，往往默許公司悄悄增加排污量。此外，在一些跨市、跨省的排污權買賣中，計劃賣出方的當地政府官員強行介入買賣過程，制止把排污權目標轉讓給其他區域，請求只能在本區域內進行排污目標買賣。
總的來說，我國在對環境的整體認識上對比落后、環保手法對比短缺，只要我們能夠充分認識其存在的疑問并加以克服，就一定能讓排污權交易制度發揮出最大的作用和效果。
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